Diplômée de l’Ecole des Hautes Etudes Commerciales de Paris en 1978, Mireille Faugère choisit de rejoindre la SNCF dès sa sortie de l’Ecole en 1979. Responsable du développement du réseau TGV Méditerranée en 1987, elle est nommée Directrice de la gare Montparnasse en 1991 et devient ainsi la première femme à accéder à ce niveau de responsabilité opérationnelle, à la tête de la 4ème gare de France alors en plein développement pour accueillir le TGV Ouest. En 2000, elle lance le site Voyagessncf.com et est nommée Directrice Générale de la branche vitesse de la SNCF et Présidente de Voyagessncf.com en 2003. Elle développe les coopérations internationales et les prises de participations dans des sociétés étrangères de grande vitesse.
De Septembre 2010 à Novembre 2013, elle est Directrice générale de !’Assistance Publique Hôpitaux de Paris. Elle soutient et développe les initiatives universitaires et de recherche du CHU ainsi que son rayonnement national et international. En 3 ans elle réussit l’amélioration de la prise en charge globale des patients, et ramène le CHU vers l’équilibre financier.
Depuis 2014, elle est conseillère maître à la Cour des Comptes, responsable du secteur justice à la quatrième chambre.